本校由顯主女修會於1977年創辦，是一所政府資助的天主教小學。修會為紀念該會之恩人郭怡雅神父，故將學校命名為郭怡雅神父紀念學校。首學年一至四年級共八班。由於現址（青衣長青邨）的校舍未及落成啟用，故借用葵盛伍少梅中學校舍上課，每天由校車接載全部學生往返。1978年元月，正式於現校址上課。

歷任校監、校長與全體教職員本着基督仁愛精神，有教無類，悉心引導學生努力上進、敬主愛人，使學生身心健康成長，校務蒸蒸日上。1979年至1985年間，曾一度擴展至上、下午校各二十六班。

顯主會由於人手不足，於1987年將本校交由天主教香港教區接辦，在天主教教育事務處帶領下，校務繼續發展。除積極配合教育署（現為教育局）之各項課程改革，與時並進，使學生學習環境更理想，如：參與第一期改善校舍工程、設立中央圖書館、電腦室、多用途室、加建避雨亭、課室安裝冷氣等。

為使學生得到更全面的照顧及學習時間更充裕，本校逐步推行全日制。自2003年度開始，下午校停收小一；2004年度，小一至小三實施全日制上課，及至2005年已擴展至全校班級實施全日制上課。

2015年3月2日本校成立法團校董會，在法團校董會的帶領下，本校將更著力推行天主教教育，與各持分者一起追求真理，秉持公義，力行仁愛，珍惜生命和鞏固家庭的價值，教導學生成材，貢獻社會。

張漢卿修女 （1977-1978）
戴振容修女 （1978-1984；1986-1987）
曾惠卿修女 （1984-1986）
曾慶霖神父 （1987-1990）
張怡卿女士 （1990-1995）
歐陽輝神父 （1995-2001）
曾偉雄神父 （2001-2007）
宋雲龍執事 （2007-2014）
陳永超神父 （2014至2022）
林祖明神父 （2022至今）

上午校歷任校長

張漢卿修女 （1977-1978）
戴振容修女 （1978-1984）
李麗卿修女 （1984-1987）
戴劍輝先生 （1987-2002）
馮仕宗先生 （2002-2004）

下午校歷任校長

楊遠聯先生 （1978-1985）
麥慕潔女士 （1985-1997）
簡韻華女士 （1997-2003）
黃玉梅女士 （2003-2005）

全日制歷任校長

陳國明先生 （2004-2006）
周偉強先生 （2006-2010）
姚芬女士  （2010-2013）
張作芳女士 （2013-2017）
蔡偉傑先生 （2017至今）